Uvamizi wa mara kwa mara wa mshindi wa Uhispania Don Nuño Beltrán de Guzmán kuelekea nchi za magharibi mwa nchi, ili kuongeza utawala wake na nguvu juu ya maeneo hayo, ilisababisha kuanzishwa kwa mkoa mpya uitwao Ufalme wa New Galicia.
Kanda hiyo ilikaliwa na vikundi anuwai vya asili, ambao waliendelea kuharibu makazi ambayo Wahispania walianzisha ndani yake. Luteni wa Nuño de Guzmán, Kapteni Juan B. de Oñate alipokea maagizo ya kutuliza majimbo hayo na kupata Villa de Guadalajara mahali paitwapo Nochistlán, jambo ambalo alikamilisha mnamo Januari 5, 1532. ilibidi ahame mwaka mmoja baadaye kwenda Tonalá na baadaye Tlacotlán. Uhamisho wa tatu ulifanywa ili kukaa mji katika Bonde la Atemajac, ambapo mji huo ulianzishwa mnamo Februari 14, 1542 na uwepo wa Cristóbal de Oñate kama gavana wa Nueva Galicia na Don Antonio de Mendoza, basi makamu wa New Spain, ambaye alimteua Meya wa Miguel de Ibarra na gavana wa Luteni.
Jiji lilikua haraka na kuanza kushindana na ile ya Compostela (leo Tepic), ambayo wakati huo ilikuwa makao ya mamlaka ya kidini na ya kiraia, ili wakaazi wa Guadalajara wakape shinikizo kubwa kwa mamlaka ya Audiencia, kwamba mfalme Felipe II aliamua kutoa Cheti cha Mei 10, 1560 ili ahame kutoka Compostela kwenda Guadalajara, Kanisa Kuu, Mahakama ya Royal na maafisa wa Hazina.
Muundo wa miji ulipangwa kulingana na ile ya miji mingine ya kikoloni, kwa hivyo mpangilio wake ulitengenezwa kwa njia ya chessboard kutoka kwa uwanja wa San Fernando. Baadaye vitongoji vya Mexicaltzingo na Analco vilianzishwa na Fray Antonio de Segovia, na ujirani wa Mezquitán, mojawapo ya ya zamani zaidi. Nyumba za ukumbi wa mji pia zilijengwa, mkabala na hekalu la sasa la San Agustín na kanisa la kwanza la parokia ambapo Ikulu ya Sheria iko.
Leo, jiji zuri, lenye nguvu katika majengo ya kikoloni, linaonyesha mifano kadhaa ya usanifu, kama Kanisa Kuu la Kanisa, tovuti ya lazima ya kuona, iliyojengwa kati ya 1561 na 1618 na mbunifu Martín Casillas. Mtindo wake umeainishwa kama baroque ya kipato. Muundo wake thabiti unapanda mbele ya Plaza de Guadalajara ya leo, na minara yake ya kushangaza ambayo, ingawa sio ya mtindo wa asili wa jengo hilo, kwa sasa inatambuliwa kama ishara ya mji mkuu wa Guadalajara. Minara ya zamani iliharibiwa katika karne ya kumi na tisa na mtetemeko wa ardhi, kwa hivyo ile iliyo nayo leo iliongezwa. Mambo ya ndani ya hekalu ni nusu-Gothic kwa mtindo, pamoja na vaults zake ambazo zimetengenezwa kwa lace.
Sehemu zingine za kidini kutoka karne ya 16 ni nyumba ya watawa ya San Francisco, iliyoanzishwa mnamo 1542 karibu na mto, katika kitongoji cha Analco, na karibu kuharibiwa kabisa katika Matengenezo. Hekalu lake, lililokarabatiwa mwishoni mwa karne ya 17, na façade yake ya baroque ya laini laini za Sulemani, imehifadhiwa. Mkutano wa San Agustín, ulianzishwa mnamo 1573 na Sheria ya Kifalme ya Felipe II na kwa sasa inahifadhi hekalu lake na sura yake ya mistari kali ya Herrerian na mambo yake ya ndani na vifuniko vya ribbed.
Santa María de Gracia, mwingine wa misingi ya watawa, ilichukuliwa na watawa wa Dominika kutoka Puebla, iliyojengwa mnamo 1590 mbele ya Plaza de San Agustín na kulipwa na Hernán Gómez de la Peña. Ujenzi huo ulichukua vitalu sita, ingawa leo ni hekalu lake tu linaloendelea, na sura ya neoclassical kutoka nusu ya pili ya karne ya 18.
